1838 yıllarında, Malatya’nın terk edilişi aynı zamanda Osmanlı İmparatorluğunun tükeniş zamanına rastlamaktadır. 1826 da yeniçeri ocağının kapatılması ile askeriyenin kapatılması İdarece kötü bir yönetim sergilenmesi, II. Mahmut dönemidir. Devleti yeniden güçlendirme çabaları içine düşen yönetim, aynı zamanda Anadolu dışında birçok yerde toprak kayıplarını engelleyememiştir. Malatya, yüzyıllarca hüküm süren bir imparatorluğun çöküşü paralelliğinde terk edilmiştir. O zamanlar Anadolu topraklarının en zor dönemlerini yaşaması, Mevcut varlığını yitirmeye başlaması, ekonomisinin her yönüyle tükenmesi, büyük göçlerin yaşanması, kısaca yaşam mücadelesinin tam durma noktasındadır.
1805 yılında Mısır Valisi olan Kavalalı Mehmet Ali Paşa Osmanlıya karşı isyan çıkararak, vergi vermeyip bağımsızlığını ilan edince, Padişah II. Mahmud’un emriyle hafız Osman paşa, 1838 yılında 80 bin kişilik ordusunu Elazığ’dan Malatya’ya getirir. Askerlerin içinde Prusyalı Alman subaylar da vardır. General Helmuth von Moltke, o sırada yüzbaşı rütbesiyle Malatya’da bulunuyordu. Hafız Osman Paşa 40 bin askerini, eski Malatya’nın içinde han, ev ve köşkleri işgal ederek, yerleştirmeye başlar. İsyanı bastırmak için 40 bin askerini yeterli bularak Nizip tarafına sevk eder. Halk Aspuzu Bağ ve bahçelerindeki yazlık evleri kullandığından bu işgalden dolayı şehre geri dönemez. Kışı şimdiki Malatya’nın bulunduğu bağ evlerinde geçirmek zorunda kalır. Ordu Nizip Savaşı için Malatya'dan ayrılınca halk harap ve perişan olmuş evlerine artık dönmek istemez. Anadolu ve Fırat Havzası üzerine çeşitli araştırmalar yapan, İngiliz gezgin, Dr. Wiliam Francis Ainsworth, askerlerin ayrıldığı kentte, o yıllarda yıkık ve dökük 500 evin olduğunu kervansarayın ıssız perişan durumda olduğunu belirttikten sonra eski Malatya'nın yakında kent olmaktan çıkacağını 1888 yılında 2 cilt olarak yayınladığı eserde bahsetmektedir.
Yeni Malatya'nın 1939 yılından itibaren kurulduğu Asbuzu yöresi, sulu bahçeler ve üzüm bağlarından çeşitli meyve ve kayısı bahçelerinden oluşmaktaydı. Ayrıca bağ ve bahçe çevrelerinde yerleşim yerleri de bulunmaktaydı. Zamanla bu mecburi göçten sonra mahalleler büyümeye başlamıştır. Malatya Cumhuriyet dönemine kadar küçük bir kent olarak kalmış, asıl gelişmesi Cumhuriyet döneminden sonra olmuştur.
1847 yılındaki idari bölünmelerden sonra Malatya Livasının bu defa Harput eyaletine bağlandığı görülmektedir. Malatya'nın yanı sıra, Harput eyaletinin diğer Livaları Merkez Liva, Arapgir ve Besni'dir. 1867 yılındaki Vilayet nizamnamesi ile Malatya Liva olmaktan çıkarılmış ve kazaya dönüştürülerek Diyarbakır vilayetinin Mamuret’ül Aziz sancağına bağlanmıştır.1877 yılındaki Devlet Salnamesi, Malatya'nın, Diyarbakır vilayetine bağlı bir sancak olduğunu kaydetmektedir. Bu dönemde, Malatya sancağının kazaları, sırasıyla, Akçadağ, Besni, Hısnımansur ve Kâhta idi. Arapkir kazası ise Mamuret-ül Aziz’e bağlıdır.1892 yılındaki Devlet Salnamesi, Malatya sancağının Diyarbakır vilayetinden alınarak, Mamuret ül Aziz vilayetine verildiğini belirtmektedir. Bu dönemde, Malatya sancağının kazaları, 1877 yılındaki durumlarını muhafaza etmektedir. Düyun-u Umumiye adına çalışan Fransız araştırmacı Vital Cuinet, Malatya sancağının 1891 yılında 5 kazası, 9 nahiyesi ve toplam 1240 köyü olduğunu, merkez Kazası’nın 133.244 kişi, Malatya sancağının toplam nüfusunun 216.280 kişi olduğunu belirtmektedir.
Osmanlının son yönetiminin idaredeki rehaveti; dış güçlerin Osmanlı topraklarına göz dikmelerine sebep olmuştur. Güçlü bir yapılanmayı ihmal eden o dönemin Osmanlı idaresi, baskı altında ve ekonomisi çok zayıf bir durumda düşmana teslim olup-olmama vaziyetine düşmüştür. Bu süre zarfında askere çağrılan gençlerin birçoğu, çok dağınık bir alanda meydana gelen savunmalarda şehit olmuşlardır. Yemen’den Sarıkamış’a ve Balkanlardan Çanakkale’ye birçok cephede süren mücadeleler de kayıplara sebep olmuştur. Malatya yöresinin insanları diğer vilayetlerdeki vatansever halk ile birlikte milli mücadeleye katılmış, Vatan savunma satıhlarında görev almışlardır.
Tarihinde birçok Millet ve Devletlerin gerek kuruluşuna, gerekse kalkınmasına tanık olmuş, ev sahipliği yapmış, her medeniyet devrinin değişikliğini içerisinde barındırmış olan eski Malatya, nihayetinde 1839 yılında terk edilmiştir. Bu tarihten itibaren yeniden şekillenen yeni Malatya oluşmuştur artık. Bu sebeptendir ki, Malatya ilinin tarihi denildiğinde, eski Malatya’nın, yani Battalgazi İlçesinin tarihi anlaşılmalıdır. Malatya, kurtuluş savaşını yeni kurulduğu yerinde karşılamıştır. İşte bu zor koşullar içerisinde Malatya yeni yerinde, Osmanlının devlet yönetiminin, yeni Türk tarihinde bir devrin kapanışı ve yeni bir dönemin kuruluşuna adeta fiziki yapısıyla eşlik etmiş bir temsilci olma niteliğiyle yeniden filizlenmiştir. Cumhuriyetle birlikte 20 Nisan 1924 Anayasanın 89. Maddesiyle il olan Malatya, yabancı işgaline uğramayan, nadir kentlerimizden biridir.
Cumhuriyet Döneminde Malatya’nın il olmasından sonra, eski Malatya da 1928 yılında belediyelik, 1932 yılında nahiye olmuş, 1987 yılında ise, eski Malatya belediyesi encümeninin ittifakla aldığı kararla “eski Malatya” ismi ünlü Türk İslam komutanı ve kahramanı Battalgazi’nin de burada yaşamasından dolayı değiştirilerek “BATTALGAZİ” adını almıştır.