Günümüzde Özbekistan Cumhuriyeti sınırlarında bulunan Buhârâ, 54/674 yılında Hz. Muâviye’nin Horasan Valisi Ubeydullah b. Ziyâd tarafından fethedilerek ilk defa İslam hâkimiyetine girmiştir. Emevîler zamanında ve Abbâsîler’in ilk devrinde Buhârâ’da yerli hükümdardan başka, Merv’deki Horasan valisi tarafından tayin edilen bir emîr veya âmil yönetiliyordu.
260/874 yılında Buhârâ Emîri’nin Tâhirîler’i ortadan kaldırması üzerine şehir halkı ile ulemâ Sâmânîler’den Semerkant hâkimi Nasr b. Ahmed’e başvurarak şehri ona teslim ettiler. Nasr da küçük kardeşi İsmâil’i Buhârâ valiliğine tayin etti. Böylece Buhârâ 389/999 yılına kadar Sâmânîler tarafından idare edildi.
Sâmânîler döneminde Buhârâ, tarihinin en parlak dönemini yaşamış, büyük bir idarî ve kültürel merkez haline gelmiştir. Bu dönemde, Buhârâ’da önemli bir saray kütüphanesi oluşturulmuş ve başta İbn Sînâ olmak üzere pek çok bilim insanı, bu kütüphaneden yararlanmıştır. Sonraki dönemlerde ise, birçok savaş ve karışıklığın yaşanmasına rağmen önemli bir ilim-kültür merkezi olmaya devam etmiştir.
Sayısız âlim yetiştiği için bu şehir, “İslam’ın Kubbesi” ve “Doğunun Medine’si” şeklinde isimlendirilmiştir. Gerileme devrinde dahi büyük bir kültür merkezi olarak kalan bu ilim ve medeniyet merkezinden, başta Sahih-i Buhârî yazarı Muhammed b. İsmâîl el-Buhârî olmak üzere pek çok âlim çıkmıştır. Târâbî İsyanı’na kadar Burhân Ailesi’nin sadr olduğu dönemde Buhârâ, çok sayıda ilim erbabının yaşadığı ve altı bin fakihin maaş aldığı ilim merkezlerinden biri olmuştur.
Buhârâ, hicrî V. asırdan itibaren birçok savaş, tahribat ve yönetim değişiklikleriyle siyasî olarak çalkantılı bir dönem yaşamıştır. Bu durum sadece siyaseti değil, aynı zamanda ilim dünyasını da olumsuz olarak etkilemiştir. Şehrin tahrip edilmesiyle kütüphaneler yakılmış, eserlere ulaşma imkânı ortadan kalkmıştır. Ayrıca birçok âlim ya ölmüş, ya da eğitim-öğretimini bırakarak başka coğrafyalara göç etmek zorunda kalmıştır.