3 Mart 1894 günü, Malatya’da meydana gelen depremde 1300 kişinin öldüğü, 1200 evle birlikte 3 hamam, 4 cami, 2 minare, 5 mağaza ve dört fırının yıkıldığı o sıkıntılı günlerde, 1843 yılında Ulemadan Hocazade Hacı Yusuf tarafından kendi adına yaptırdığı Hacı Yusuf Camii de yıkılan camiler arasındaydı.
Yıkılan caminin yerine aynı avlu içerisinde depremden hemen sonra yapılmaya başlanan Yeni Cami, Malatya’nın sembolleşen camilerindendir. Halkın yardımı ve Sultan II. Abdülhamit Han’ın 10 bin altınlık maddi katkısıyla inşaat devam ettirilmiş, ancak araya giren çeşitli nedenlerden dolayı inşaat süresi 1912 yılında ancak bitirilebilmiştir.
Temelindeki suyu kurutmak o devrin imkânlarıyla mümkün olmadığından, tabana çakılan ardıç ağaçlarıyla zemin oluşturulmuş ve temele konulan taşlar, ardıç ağaçları üzerine oturtulmuştur. Yıkılgan'dan öküz arabaları ile getirilen taşların yontulmasıyla duvarlar yükseltilmiştir. Binanın tamamı muntazam sıralı silme taştan yapılmıştır. 1.500 m2 alan içerisinde 28.50x28.50 m. büyüklüğünde kare bir zemine oturtulan camii, 2.000 kişinin namaz kılabileceği bir zemin üzerine, dört sütun ayağın taşıdığı pandantifli merkezi bir kubbe örtmektedir. Merkezi kubbe dört yönden beşik tonozlar, köşelerde de küçük kubbelerle desteklenmiştir. Kubbenin yüksek kasnağı çevresinde çok sayıda pencereler açılmıştır. Caminin güney cephesinin ortasında mihrap, yarım kubbe içerisinde bulunmaktadır. Son cemaat yeri dört metre genişliğinde olup, üzeri revaklıdır. Son cemaat yerinin iki yanına ikişer şerefeli, taş kaide üzerine yuvarlak gövdeli iki minare daha eklenmiştir. Şu anda, şerefeden yukarısı olmayan minare depremde yıkılan eski camiye ait olup, günümüze kadar aynen korunmuştur.
Kitabesinden anlaşıldığına göre 1843 yılında Hacı Yusuf Camii’nin yapımı, Eski Malatya’nın terkinden dört yıl sonraya rastlamaktadır. Eski Cami’ye ait olan günümüzdeki yarım Minare, yapımı esnasında Hıristiyan bir ustanın düşerek ölmesi üzerine minare geleneğine göre minare yarım bırakılmıştır. Bu olaydan dolayı Müftülükçe minareye 15 gün hapis cezası verildiği Kemal Tahir’in Namusçular isimli eserinin birinci baskısında bahsedilmektedir.
Yeni Camii ve iki minaresi kendine has mimarisi ile oldukça geniş yapıdadır. Minare âlemleri 14 Haziran 1964 depreminde hasar görmüş, cami duvarlarında çatlaklar meydana gelmiştir. Depremin akabinde Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından pencerelerin çerçevelerinin üst kısmı da kaldırılarak hasarlı kısımlar onarılmıştır.
Klasik Osmanlı eseri olan camii yapıldığı yıllarda Ulu Camii adıyla anılsa da Vakıf kayıtlarında Hacı Yusuf Camii adı geçmekte olup halk dilinde Yeni Camii, Teze Camii ve Taş Camii adı sıkça zikredilmektedir.