1839 yılı itibari ile kentleşmeye başlayan Yeni Malatya'nın bazı mahallerinde, günümüzdeki İlkokulun yerini tutan İptidaiye Mektepleri kurulmuş idi. Bu mekteplerde eğitim beş yıl üzerine verilmekteydi. Bu okulların öncesinde çocukların verildiği Anaokulu yerine geçen Sübyan Mektepleri ise, bir yılık veya iki yıllık süreyle eğitim verirdi.
Şu anki Belediye binasının yerinde ise Çarşı Mektebi, Tahtalı minare camii bünyesinde bulunan İptidaiye mektebi ve yine o dönemde hizmet veren Hidayet Mektebi ve Emir Ahmedoğlu Medresesi bünyesinde oluşturulan İzzetiye Mektebi bu okullardan bazılarıdır. İzzetiye Mektebi 1933 yılında Malatya’ya gelen Atatürk’ün emriyle taş malzemeyle, bodrum katıyla birlikte 3 kat olarak yapılan Gazi İlkokuluna taşınır.
Emir Ahmetoğlu Medresesi, Fırat İlkokulunun eski yeri olan Belediye İş hanının yerinde bulunmaktaydı, Yeni Cami'ye bağlı olarak eğitim öğretim faaliyetini sürdüren Medrese, Cumhuriyet dönemiyle birlikte adını Fırat olarak değiştirmiştir. 1907 yılında yapılan Derme İlköğretim Okulu'nun yerinde de ise, sadece kızlara eğitim veren Kızlar Mektebi açılmış idi. İlkokul düzeyinde eğitim veren bu okula yalnızca kız öğrenciler alınmaktaydı. Daha sonra esas bina yıkılmış yerine günümüzdeki okul yapılmışsa da giriş kapısı halen durmaktadır.
Günümüzde, Malatya İl sınırları içerisinde okulsuz köy sayısı birkaç tanedir. Okuryazar oranı %85’i aşmıştır. İlimizde 40 anaokulu, 1007 ilkokul, 142 ortaokul, 77 lise mevcut olup, 1975 yılında ise İnönü Üniversitesi kurulmuştur. Bu üniversitemize bağlı Fen ve Edebiyat, Tıp, Mühendislik, İlahiyat, İktisadi İdari Bilimler, Eğitim Fakülteleri, Sosyal Bilimler ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Malatya, Adıyaman, Arapkir ve Elbistan Meslek Yüksek Okulları ile Sağlık Meslek Yüksek Okuludur.
Üniversite bünyesinde Turgut Özal Tıp Merkezi bulunmakta olup, Malatya ve çevre illerdeki halkımıza hizmet vermektedir. 1960’larda Türkiye'de ikisi kuruluş halinde olan 5 üniversite bulunmaktaydı. Dördü batıda, biri Erzurum’da olan bu üniversitelere katılacak olan yeni üniversitenin Doğu’da kurulmasının, bölgenin kalkınması açısından büyük öneme sahip olduğu üzerinde durulmuştu. Malatya’da 22 kişiden oluşan Av. Hayrettin Abacı Başkanlığındaki Malatya Üniversite Kurma ve Yaşatma Derneği’nin ve Malatya milletvekillerinin gayretleriyle uygun yerin Malatya olduğu vurgulanmış, oluşturulan kamuoyu sonucu, 3 Nisan 1975 tarihinde resmi gazetede yayınlanan 1872 sayılı kanunla İnönü Üniversitesi yürürlüğe girmiştir. Kurucu Rektör Merhum Prof. Dr. Süreyya Aybar tarafından kurulan İnönü Üniversitesi aynı yıl Temel Bilimler Fakültesi, Fizik, Kimya ve Matematik bölümlerine öğrenci alınmasıyla 1976–77 öğretim yılında eğitim faaliyetine başlamıştır. 1984 yılına kadar, şimdiki Malatya Fen Lisesinde eğitimini sürdüren Üniversite 1984–85 Eğitim ve Öğretim döneminde bugünkü yerleşkesine taşınmıştır.
İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Mühendislik Fakültesi 1988-1989 Eğitim-Öğretim yılında eğitim faaliyetine başlamıştır. Darende İlahiyat Fakültesi, 1992-1993 Eğitim-Öğretim yılında, Darende'de eğitime başlamış, 2001-2002 Eğitim-Öğretim yılında İnönü Üniversitesi yerleşkesine taşınmıştır. Adıyaman Fen-Edebiyat Fakültesi, Matematik ve Türk Dili ve Edebiyatı bölümleri ise 1999-2000 Öğretim yılında eğitime başlamıştır. Bakanlar Kurulu'nun 2001/3249 sayı ve 24 Ekim 2001 tarih kararı ile kurulması onaylanan Eczacılık, Diş Hekimliği ve Güzel Sanatlar Fakültelerinden, Eczacılık Fakültesi 2002-2003 Eğitim-Öğretim yılında eğitime başlamıştır. İnönü Üniversitesi bugün; 1.086 akademik, 1.027 idari personel ile eğitim-öğretim hizmeti vermeyi sürdürmektedir. İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesine bağlı olan Turgut Özal Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesi ise, Sağlık alanında Ülkemizin en önemli ve en modern tıp merkezi ve hastanelerinden biridir. Rahmetli 7. Cumhurbaşkanı Turgut Özal’ın özel gayretleri sonucu Malatya’ya kazandırılmıştır. Amerika’da ki Houston Tıp Merkezinin bir benzeri olarak kurulan Tıp Merkezinin temeli 1991 yılında atılmıştır. Hızlı bir gelişmeyle beş yıl sonra 1996 yılında hizmete açılmıştır. İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi, Elazığ yolu 10. Km.sinde karayolu üzerinde 7.000 dönüm alan üzerinde İnönü Üniversitesi yerleşkesi içerisinde yer almaktadır. Sağlık alanında ülkemizin en önemli ve en modern Tıp merkezi ve Hastane projesidir. Ülkemize teknoloji transferi sağlayacak dış kredili bir proje olup Avrupa Sosyal Kalkınma fonundan 60 milyon dolarlık kredi alınarak yapılmıştır. Son derece modern olarak tasarlanan hastane 16 katlı hasta yatak kulesinde 880 yatak kapasitesi mevcuttur. Dikine kurulu hastanede transport 27 adet asansörlerle, 120 yoğun bakım yatağı ve 26 adet son teknolojiyi içeren ameliyathane bulunmaktadır. Turgut Özal Tıp Merkezi ve özel sektör tarafından kurulan diğer hastanelerle Malatya’yı sağlık turizminde atağa geçirecek potansiyele sahiptir.