14 Mayıs 2000'de yapılan FP 1. Kongresi'nde gelenekçi ve yenilikçi kanatlar arasındaki çekişme su üstüne çıkmıştı artık. Gelenekçiler adına Recai Kutan aday olurken, Recep Tayyip Erdoğan hapiste ve siyasi yasaklı olduğu için muhalefetin zahirdeki liderliğini Abdullah gül yapıyordu.
İki adayın yarıştığı kongrede, divan Başkanlığına Yasin Hatipoğlu seçilmişti. Milli Görüş camiası içerisinde ayrışma ve karar noktasıydı. Kongrede 500 yakın basın kartı dağıtılmış çok sayıda canlı yayın aracı gelmişti. Prof. Dr. Necmettin Erbakan’ın kongreye gönderdiği mesajla salon yaklaşık 15 dakika coşmuş ve çoğu insanın ağladığı görülmüştü. Gelenekçiler adına Recai Kutan, Veysel Candan, Avni Doğan, Numan Kurtulmuş konuşurken, yenilikçiler adına Abdullah Gül, Bülent Arınç, Abdullatif Şener ve Melih Gökçek ağırlıklı konuşmacılardı. Kongrede farklı üslup yenilikçilerin sesiydi. Abdullah Gülün konuşma yapmak için kürsüye çıkışında Amerikan tarzını kullanması ve konuşmalarında ısrarla;
‘'…kendisinin genç olmayıp 50 yaşına geldiğini…’’ akabinde
‘’ İslam medeniyeti batı medeniyetine yenilmiştir.’’ Mesajları dikkatlerden kaçmıyordu.
Kongrede yapılan oylama sonucu toplam 1238 delegenin 1195 oy kullanırken, 1154 geçerli oyun 633’ünü alan Recai Kutan’a rağmen, Abdullah Gül 521’de kalmıştı. Bu sonuca göre, Recai Kutan'ın listesindeki Gelenekçiler Partiye hâkim olmuş, yenilikçilere yol görünmüştü.
FP’si, Recai Kutanın Genel Başkanlığında 1999 seçimlerine girmişti. Seçimlerde % 15.40 aldığı oyla 111 milletvekili çıkarmıştı. TBMM Yemin Töreni’nde patlak veren Merve Kavakçı olayı teşkilat içerisinde, Aydın Menderes, Cemil Çiçek, Ali Coşkun, Abdulkadir Aksu’nun başını çektiği grup tarafında dillendirilerek Erbakan tarafından yönlendirildiğini iddia ederek Kutana tepki gösteriyorlardı. FP ile Devlet arasında gerilimi tırmandırma bahanesiyle Aydın Menderes Partiden istifa ediyor ve ertesi gün FP hakkın da Yargıtay Başsavcısı Vural Savaş tarafından kapatma ve partililerin siyasi yasaklı olmasını isteyen dava açılıyordu.
Yargıtay Başsavcısı Vural Savaş’ın, 7 Mayıs 199 Anayasa Mahkemesine sunduğu iddianamede kapatılan Fazilet Partisinin, Refah Partisi devamı, Necmettin Erbakan’ın Fazilet Partisini dışarıdan yönetmesi ve laikliğe aykırı eylemlerin odağı haline geldiğini, savunarak, kapatma davası açmış henüz 3 yaşındayken Refah Partisi’nin devamı gerekçesiyle kapatılıyordu.
Milli görüşün Siyaset arenasındaki son temsilcisi Saadet Partisi 20 Temmuz 2001 tarihinde Recai Kutanın Genel Başkanlığında kuruldu. Fazilet Partisi Kongresinde yaşanan Gelenekçiler ve Yenilikçilerin yol ayırımıyla, bağımsız kalan 105 milletvekilinin yarıya yakını Saadet Partisine geçmişti. Kalan Milletvekilleri ise Yenilikçiler hareketinin liderliğini yapan Abdullah Gül’le birlikte daha sonra Recep Tayyip Erdoğan’ın başını çekeceği Adalet ve Kalkınma Partisinde bir araya geldiler.
Cumhuriyet Gazetesinin yayın yönetmeni İlhan Selçuk’a göre;
‘’ AKP'nin doğuşunun başlangıcı 28 Şubat 1997’dir. Çünkü “28 Şubatın asıl hedefi, Necmettin Erbakan'ı etkisiz hale getirmek, Milli Görüş’ü bölmekti. Ancak, öyle sanıyorum ki asıl hedef başkaydı: Amerika’nın “ılımlı” İslam çizgisinde yürüyecek birilerinin, Tayyip Erdoğan'ın ve onun “yenilikçi” ekibinin önünü açmak! Erbakan’ın tasfiyesi, bunun için gerekiyordu. Yoksa haklı olarak ileri sürüldüğü gibi “görünürde farklı kutupların adamları olan Tayyip Erdoğan'la, Çevik Bir'in ittifakı nasıl açıklanabilirdi? Bir kaynakta yer alan şu iddia acaba doğru muydu: Çevik Bir, 28 Şubat hareketinde “ABD'nin Truva atı” görevini üstlenmişti.’’